馬英九大膽啟用前台聯立委賴幸媛，引起外界對前總統李登輝和馬英九兩人互動關係的多方猜測。據來自綠營重要人士透露，李登輝對陳水扁處理國家安全系統很有意見，因此希望未來新國家領導人能按步就班，所以在選前，基於國家整體利益的考量，李登輝曾透過幕僚，分別向馬英九陣營和謝長廷陣營提示，他過去運作國安會的成功模式，而馬英九和李登輝兩人的互動關係，亦在此之後開始加溫，更形密切。

李登輝和馬英九兩人關係的變化，在賴幸媛這次受邀入閣，接掌陸委會主委人事案中，已受到強烈關注。事實上，在一九九八年，李登輝還擔任國民黨主席時，曾替馬英九競選台北市長背書，並舉起馬英九的手說他是「新台灣人」，後來李登輝離開國民黨，就算李登輝批評馬英九，馬英九也始終採取尊李的態度，很少有犀利言語的回應。

據悉，馬英九因自知外省籍因素，會讓本省人對他有賣台的疑慮，因此，需要倚靠李登輝的主體論述，來換取本省人的信任。

兩千年政權輪替時，雖然李登輝和陳水扁分屬不同政黨，但李登輝基於愛才心理，仍親自向陳水扁交代國安事項，但是後來邱義仁主掌的國安會，搞得國安系統亂七八糟，讓李登輝感受到扁政府危機處理有問題。

因此，李登輝希望在過去民進黨八年執政中，於國安系統所犯的錯誤，不要再延續到2008年的新政府。李登輝認為，過去在他擔任總統期間，訓練出張榮豐、蔡英文等優秀國安人才，這些國安幕僚經常拋出議題，研擬各種可能碰到的狀況，像遭受飛彈攻擊，就是其中一個例子，總統只要針對各種狀況下達判斷就好。

國家安全單位針對可能發生的國家內外的狀況，研擬出不同因應版本，最重要的是要能集結團隊精神，並且藉此累積專業團隊經驗，這些專業團隊，都應該為國家所用不該分彼此。

李登輝將這一套「秘訣」交給陳水扁，但陳水扁並未依循此一模式，而改採隨機處理，結果卻是，一碰到危機，就處理的亂七八糟。李登輝不希望2008年新政府重蹈覆轍，因此拋棄成見，派出國安幕僚向馬英九和謝長廷兩人告示，過去國安系統運作狀況。

在選後，國民黨內部重量級人士包括榮譽主席連戰、現任主席吳伯雄，以及海基會董事長江丙坤都樂觀兩岸開放，在國民黨內，可說是已把兩岸開放當作「神仙妙藥」。...詳全文