今年的評審團特別獎很「特別」，不管是在選評審團影片特別獎或是評審團個人特別獎，都讓十二位評審委員陷入激辯與苦惱的狀況，充份凸顯台灣電影環境的尷尬與窘境。由於評審委員遲遲找不到給獎的立足點與共識，單是這兩項獎就討論了幾近一個小時，並且還一度翻案。
原本這兩項獎是設計來鼓勵台灣電影人的，並希望對「萬一開獎後，台灣電影全軍覆沒」能有所彌補，然而，基於往年得獎者常覺得如此頒法像是座「同情獎」，所以今年評審之一的王瑋即提出，希望能找出一個「給獎的明確觀點」好為「來年樹立一個典範」，沒想到，最後竟引發了王童與蔡明亮之爭，支持蔡明亮的理由以「你那邊幾點」具有開創性、突破個人風格與跳脫台灣其他導演的三個理由力爭，然而，支持王童「自由門神」的理由則是深入淺出易懂與推崇王童多年對電影的堅持。
原本評審團個人特別獎是先投給了蔡明亮，但最後特別影片獎投給了「自由門神」後，王瑋又提出質疑，指稱「自由門神」在聲音、攝影、演員、剪輯等都出了問題下，拿了評審團影片獎是否邏輯上出問題而要求翻案，因此，之後就演變成影片與個人兩座評審團獎都到了蔡明亮手上。
其實今年的金馬獎幾乎個個獎項都陷入激辯，雖然少掉去年像「一坨牛屎在頭上」那樣的情緒用語，但是評審各有堅持，才爭論不休。
動作設計獎是程小東自己打自己的局面，他的兩部電影「少林足球」與「我的野蠻同學」，都獲評審青睞，而最佳音效是「千禧曼波」與「你那邊幾點」之爭，女主角項目則是經過三投，才讓「榴槤飄飄」的秦海璐險勝「千禧曼波」的舒淇，至於最佳男主角部份，因「藍宇」的胡軍與劉燁的演技難分軒輊，一度有評審問說可否來個「雙影帝」，最後也經過三度投票，劉燁才以兩票險勝。在此項中，鄭伊健最先出局，而劉德華雖演活了「瘦身男女」中的可愛胖子，眼神說服力極高，但卻因結尾時恢復原本的帥樣，而出了局。
至於最佳劇情片，頒給了「榴槤飄飄」，主要是評審團採取「作者論」考量，讓導演陳果個人風格超強的「榴」片勝出。而舒淇之飲恨，最大原因是，她今年共三部影片報名，卻部部都讓人覺得都是「舒淇」，至於新影后秦海璐卻讓人看出了她的演員爆發力！
