由於什邡北部山區盛產磷礦，因此有許多磷化工廠設廠於此。在這次的汶川強震中，什邡傳出有不少工廠倒塌，目前已知有七、八百名工人慘遭活埋；此外，有八十多噸的液態氨以及其他化學原料外漏。

災區當地政府已緊急疏散化工廠附近約六千多名民眾，而民眾間流傳著液態氨有毒，擔心縱使逃過地震，卻逃不過吸入有毒氣體致死的厄運。

一名曾到什邡化工廠工作過的香港人表示，當地大約有十來間化工廠，且其廠房多設備簡陋，並存放有不少危險的化學原料，例如氨、和一些具腐蝕性的化學原料，若不慎吸入或沾上，輕則損害呼吸系統，重則足以致命。他進一步表示，當地一旦下雨，洩漏的化學原料透過雨水汙染水源的話，後果將不堪設想。

目前已知倒塌、受損的化工廠有什邡市白馬鎮國營什邡縣磷肥廠、雲峰化工廠以及鎣峰實業有限公司和宏達化工股份有限公司。

白馬鎮國營什邡縣磷肥廠，距離震央汶川縣只有卅多公里。據一名丈夫在該工廠工作的災民表示，她的丈夫仍生死未卜，而工廠部分已夷為平地。另一名生還員工表示，員工宿舍也是重災區，有四幢樓房在地震中已全部倒塌，最少有十多人被活埋，在救援隊伍趕到以前，他們只能靠自己徒手挖掘搶救同事，但到十三日的中午只挖出一具屍體。

此外，一名雲峰化工廠的五十二歲倖存員工高啟良表示，地震發生前，他只是要去對面的商店買一包菸，準備回廠區的途中，突然就被狠狠地摔倒在地，等他爬起來的時候，整個化工廠片區一下子就不見了，周圍都是沖天的煙塵，「我沒有看到人從工廠裡面跑出來」。整個化工廠彷彿是人堆放的建築垃圾，剩下幾面牆和一棟垮了一半的樓房，高啟良對記者表示，「我的車還壓在下面，好多朋友都失蹤了！」

針對鎣峰、宏達兩間化工廠因廠房受損，傳出有硫酸和液態氨泄漏的現象。當地政府已對附近水質進行檢測，並表示什邡附近的洛水廣濟和青嘴山水質ＰＨ值和氨氮略有超過標準外，其他區域則無異常。